
L'acide linoléique définit plus que tout autre acide gras le caractère chimique de l'huile de pépins de courge. Il représente le plus souvent 45 à 60 % des acides gras totaux. Ses propriétés expliquent à la fois l'intérêt nutritionnel de l'huile, sa sensibilité et son emploi idéal à froid ou en finition.
L'acide linoléique est un acide gras polyinsaturé de la famille des oméga-6. Sa chaîne comporte deux doubles liaisons. Elles empêchent les molécules de s'agencer étroitement, ce qui aide l'huile à rester liquide à température ambiante. Elles rendent aussi la molécule plus réactive à l'oxygène.

L'organisme humain ne peut pas synthétiser l'acide linoléique et doit le recevoir par l'alimentation. Il fait partie des composants des membranes cellulaires et participe à plusieurs voies de signalisation. Une carence est rare dans les régimes variés, car cet acide gras est largement présent dans les huiles végétales, les noix et les graines.
L'acide linoléique participe à la structure de la barrière cutanée. Les céramides, lipides qui limitent la perte d'eau de la peau, peuvent en contenir. Cela explique l'intérêt traditionnel porté aux huiles riches en acide linoléique pour les usages externes. Cet intérêt ne transforme pas pour autant l'huile alimentaire en traitement ; la rubrique Bien-être replace les usages et les preuves dans leur contexte.

Les deux doubles liaisons sont sensibles à la chaleur et à l'oxygène. Lors d'une cuisson intense, elles s'oxydent et forment des composés qui dégradent l'arôme. L'huile de pépins de courge n'est donc pas destinée à la friture ou à la cuisson à feu vif. Sa tradition culinaire — versée sur un plat fini — correspond à sa composition.
La lumière, l'air et la chaleur accélèrent l'oxydation. Une bouteille sombre bien fermée, rangée au frais et à l'abri de la lumière, protège mieux l'huile. Après ouverture, il est préférable de la consommer dans les mois qui suivent. Une odeur âcre, chimique ou de peinture est un signe de rancissement : l'huile ne doit alors plus être utilisée.
L'acide linoléique s'accompagne d'acide oléique, d'une fraction plus réduite d'acides gras saturés et de traces d'acide alpha-linolénique. L'ensemble forme le profil présenté dans l'article sur les acides gras. Pour le rapport entre les deux familles essentielles, consultez aussi l'article sur les oméga-3 et oméga-6.
Les phytostérols, les tocophérols et les pigments participent eux aussi à l'identité de l'huile. Ils n'annulent pas sa sensibilité à la chaleur, mais expliquent avec les acides gras sa place particulière parmi les huiles alimentaires.