
L'huile de pépins de courge est constituée presque entièrement de matières grasses. Ses calories proviennent donc des acides gras, mais ceux-ci n'ont pas tous les mêmes propriétés. Le nombre de doubles liaisons qu'ils portent influence la fluidité de l'huile, sa sensibilité à la chaleur et son rôle dans l'équilibre alimentaire. Comprendre ce profil permet de mieux choisir comment utiliser l'huile.
Les acides gras sont de longues chaînes de carbone. Les acides gras saturés ne comportent pas de double liaison, les monoinsaturés en ont une et les polyinsaturés en ont plusieurs. Ces différences chimiques comptent : plus il y a de doubles liaisons, plus la molécule est réactive à l'oxygène, à la lumière et à la chaleur.

Les acides gras polyinsaturés représentent généralement environ 60 à 75 % des acides gras de l'huile de pépins de courge. Leur plus grande part est l'acide linoléique, un oméga-6 essentiel que l'organisme doit recevoir par l'alimentation. L'huile contient aussi de très petites quantités d'acide alpha-linolénique, un oméga-3.
Cette forte proportion donne à l'huile une place intéressante dans une alimentation variée, mais elle la rend aussi plus fragile. Une exposition prolongée à l'air, à la lumière ou à une chaleur élevée accélère son oxydation. L'article sur l'acide linoléique détaille cette fraction principale.
L'acide oléique, un acide gras oméga-9 également abondant dans l'huile d'olive, représente souvent 20 à 35 % du profil. Il est plus stable que l'acide linoléique et contribue à la texture souple et onctueuse de l'huile. Son rôle doit toutefois être considéré dans le cadre de l'ensemble de l'alimentation plutôt qu'isolément.

Les acides gras saturés constituent en général environ 15 à 20 % de l'huile. L'acide palmitique et l'acide stéarique y sont les principaux représentants. Cette fraction participe à la structure globale de l'huile, sans en être la caractéristique dominante.
Un profil riche en polyinsaturés ne convient pas à la cuisson à feu vif. Les doubles liaisons réagissent facilement sous l'effet de la chaleur et altèrent le goût. L'huile de pépins de courge s'emploie donc de préférence en finition : sur un plat déjà cuit, dans une vinaigrette ou dans une préparation froide.
La torréfaction traditionnelle des graines modifie surtout les arômes, les pigments et certains micronutriments. Les acides linoléique et oléique restent globalement les mêmes. Les différences entre huile torréfiée et huile réellement pressée à froid concernent davantage la couleur, le goût et les composés sensibles à la chaleur que le profil d'acides gras.
L'huile de pépins de courge est plus polyinsaturée que l'huile d'olive, dominée par l'acide oléique. Elle se rapproche sous cet angle de certaines huiles de tournesol, tout en gardant une composition et un goût propres. Elle complète d'autres matières grasses dans une alimentation variée, sans les remplacer toutes.